Летом судак почти всегда выбирает места с резкой разницей глубин. Обычно это захламленные омуты или ямы, к которым примыкают песчаные или каменистые отмели. Любит он также стоять вблизи устоев мостов и около ледорезов. Часто встречается под порогами и плотинами там, где образуется обратное течение.
В водохранилищах обычно придерживается скатов затопленного русла реки. В больших водоемах иногда совершает миграции, связанные с перемещением косяков мелкой рыбы и изменением содержания кислорода в воде. Заросших водными растениями участков избегает; дно предпочитает песчаное или хрящеватое. Держится небольшими стаями, крупные судаки живут в одиночку. . В конце августа — сентябре судак покидает свои летние стоянки и идет на зимовку на самые глубокие участки реки или озера. Во время осеннего хода и на зимовках иногда образует значительные скопления. Также живет и небольших прудах и водоемах, но при наличии аэрации.