Размножается вьюн весной. Вьюны выметывают икру в местах своего обычног обитания у берегов, в густых зарослях, кроме того вьюны часто уходят на разлив, и личинки их потом встречаются далеко от реки или озера. Размеры икры 1,7 -1,9 мм, диаметр зародыша с желтком 1,2 -1,3 мм. Обочка икринок тонкая и слабоклейкая.
После вылупления личинки при помощи органов приклеивания, расположенных на голове, приклеиваются к растениям и спокойно висят пока имеются запасы желтка. Развитие идет в условиях недостаточного содержания кислорода, и поэтому у личинок развивается целая система личиночных органов дыхания, которые сменяют друг друга. Сначало это мощные сосуды, проходящие по поверхности желточног мешка, затем появляются длинные, нитевидные наружные жабры -тонкие кожистые выросты, пронизанные кровеносными сосудами и торчащие из под жаберных крышек. Наружные жабры через некоторое время уменьшаются, а затем полностью исчезают и вместо них развиваются истинные жабры. Кроме того у личинок дыхательную функцию несет густая сеть кровеносных сосудов в больших грудных плавниках, в анальной плавниковой, складке, а позже -в задней части кишечника. Еще до полного всасывания желтка личинки начинают активно разыскивать себе пищу с помощью специальных органов чувств, расположенных вокруг рта и на усиках, которые начинают развиваться очень рано.
Сеть капиляров сохраняется на небольшом участке кишечника у взрослой особей как приспособление к дыханию атмосферным воздухом.